DETECCIÓN CON RT-PCR

¿CÓMO ES POSIBLE DETECTAR SI TENEMOS CORONAVIRUS?

Este nuevo virus, como ya hemos discutido anteriormente, está formado por ARN. Por lo tanto, si ya sabemos cuál es su secuencia podemos identificar si está en nuestro cuerpo o no. Por ello, extraemos muestras principalmente de nuestras fosas nasales y de la faringe. ¿Por qué ahí y no muestras de sangre o de pelo por decir algo? La respuesta es muy simple, este virus sufre una mayor expresión en los pulmones; por lo tanto, si cogemos muestras de las zonas relacionadas con los conductos respiratorios (boca, nariz) obtendremos mayor información que si las cogemos de otro sitio. Además, es más fácil recoger las muestras de estas zonas.

Hasta el momento se han planteado dos formas: test rápidos o RT-PCR.En esta sección, explicaremos esta última.

 RT-PCR

 ¿Alguna vez habéis visto CSI o alguna serie criminal? Normalmente, utilizan muestras o restos que encuentran en las escenas de los crímenes, para extraer el material genético y averiguar qué personas han estado en la escena del crimen y poder pilla al asesino jajaja
Pues aquí, digamos que queremos pillar al virus. Sin embargo, fijaros que la muestra recogida es pequeña más el hecho del tamaño diminuto del ADN se complica nuestra labor de detectives.
Pero , como dijo Sherlock Holmes: "Para una gran mente, nada es pequeño". Los científicos han desarrollado una tecnología capaz de amplificar este material, esta técnica se conoce como PCR. Es como si se tratase de una fotocopiadora, vamos a hacer muchas copias del material para asegurarnos que verdaderamente nuestro virus está ahí.
Todo hasta el momento de maravilla, pero aparece un pequeño problema: ¡La técnica solo funciona con ADN y el virus está compuesto de ARN!!!😭😭😭. Y en este momento es cuando yo siempre digo: Houston tenemos un problema.
Y como siempre la ciencia sale al rescate. Existe una herramienta que es una proteína llamada transcriptasa (RT) que es capaz de transformar el ARN a ADN. Pufff un problema menos.
Además el ARN es un poco puñetero y es muy muy, ¿cómo decirlo? inestable. Por ello, se recomienda que la muestra se introduca sobre un líquido que permite conservarlo es lo que se conoce como buffer.

O sea, resumiendo, tengo ARN y lo paso a ADN con esa proteína para poder hacer muchas copias y ver si está ahí o no. Pero....¿verdaderamente, cuando cojo la muestra solo va a haber o no ARN del virus? En primer lugar, si estamos infectados habrá, en caso contrario no; pero, también habrá otras cosas como lípidos, otras proteínas del cuerpo, a lo mejor mocos, etc.
Por ello, cuando esa muestra llega al laboratorio se debe de "limpiar" para solamente quedarnos con el ARN. Y después directa a la fotocopiadora.
Ahora es cuando hacemos una pausa: una fotocopiadora necesita papel y tinta para funcionar, ¿no? y que además la copia original esté en condiciones adecuadas.
Madre mía, cuanta guerra va a dar nuestra querida muestra de las narices, como si no tuviéramos bastante ya con el aislamiento...😞
Para hacerlo más fácil vamos a explicarlo por partes: material inicial (muestra) y herramientas necesarias (papel y tinta).

•  Material a fotocopiar alias nuestra muestra

Pues bien nuestra muestra está limpia (ya hemos eliminado todo lo que no nos interesa), pero digamos está encuadernada. Está ahí todo el material, todo junto, compacto, sólido, sin posibilidad de diferenciar nada de nada. Por ello, debemos desencuadernarla para poder hacer copias. Esa es la acción de otra proteína llamada ARNasa. Esta se encarga de quitar las grapas, de romper el material genético en todos los componentes que lo pueden formar:adenina (a), citosina (C), guanina (G) y uracilo (U) todos los aminoácidos que lo componen.

• Papel

Nuestro papel va a ser cachos de ADN, o sea, nucleótidos,ya que si lo quiero amplificar tiene que tener todas los elementos que hay en el ADN. Esto es: de nuevo, adenina (a), citosina (C), guanina (G) y uracilo (U) todos los aminoácidos que lo componen. son lo que se identifica como dNTPs

• Programación de la impresora (primers)

Y...falta algo bastante gordo, ¿cómo dirigimos esta impresión? debes de señalar dónde queremos empezar, qué zona fotopiar...Pues de nuevo, la ciencia al rescate. Se recomienda utilizar tres regiones del genoma del virus para verificar que efectivamente está en nuestras células. Estas zonas son: E y RdRP.
 Venga, la pregunta del millón: ¿Al, por qué se usan esas zonas y no otras? La E porque es la que contiene la información de la proteína E y la RdRP, contiene info sobre la proteína que necesita el virus para replicarse (la RNA polimerasa). Un dibujo seguro que os ayuda

 Si sabemos las regiones, yo puedo indicar a la máquina que compience a fotocopiar por su comienzo, con darle las coordenadas basta (es decir ,los seis primeros nucleótidos por los que comienza). A estas señales las llamamos primers (son las flechitas de azul). 

• Tinta

¿ Y la tinta? Pufff casi nos olvidamos. Estos son otros componentes que necesitamos para que toda la maquinaria pueda trabajar en las condiciones óptimas:entre ellos la ADN polimerasa, esta es la espinaca de Popeye: la que me permite unir nucleótidos para crear secuencias.


PROCESO DE FOTOCOPIADO

 Ya tenemos todo ahora solo hace falta mezclar todos los elementos e introducirlos en la fotocopiadora: la máquina de PCR.
Pero antes, sabéis que la fotocopiadora necesita un cierto tiempo para arrancar.Este tiempo son unos 10 minutos y a 55 grados jajja vamos nos da tiempo a un cafecillo rápido. Aquí ocurre la conversión de ARN a ADN.
Una vez arrancada,es capaz de realizar dos copias cada vez que le doy al botón: cada vez que hago un ciclo. Esto ocurre a 95 grados.
Pensaréis ni Córdoba en verano jajaj esto es debido a que para que el material genético pueda romperse y llevarse a cabo nuevas uniones es necesario tempertaturas elevadas y estas, tras la realización de muchos muchos muchos experimentos ha sido la mejor. Y hablando de Córdoba, ójala unas vacaciones por allí pronto, no?🙊
Tras la realización de las copias la máquina sería capaz de detectarnos el número que hay por cada muestras y veríamos imágenes como estas:

  

Y...¿cómo sé que funciona bien? Siempre se depositan algunas muestras control en las que no debe dar lugar a replicación: no ponemos papel (dNTPS) o no ponemos primers. Si estas muestras se amplifican  a la mierda todo, ya que indicaría que algo estamos haciendo mal.Apaga y vámonos y a empezar otra vez.

Vamos a ser positivos. Imaginar que lo hemos hecho bien ya que en los controles ha salido lo que tiene que salir.Entonces concluiríamos que:

• Hay copia: puedo tener el virus→ repetición para verificar
• No copias: estamos libres del virus→ a liarla en casa ajajjaj

Hasta aquí la identificación con RT-PCR😎