GENOMA

GENOMA

Ya sabemos un poco sobre su origen, pero me podéis decir: Al, eso está muy bien, pero al grano: ¿cómo nos infecta?
Para contestar esta pregunta debemos conocer un poco su genoma. El genoma, en términos coloquiales, lo podemos definir como lo que va a definir al virus, sus genes.
Bien para que el virus se replique es necesario que exprese un gen que de lugar a la síntesis de una proteína (la llamaremos RBD suena más profesional en inglés jajajja) que le sirva de unión o anclaje a la célula humana. Se ha estudiado que este gen es el gen S. Os lo voy a mostrar:

 Este gen va desde la base 1 hasta la 1273. Rceordar que contaba con unos 30000 pares de bases, vamos un montón.

***Hago un inciso para reclacar la rapidez de secuenciación (de conocer) del genoma del virus en comparación con otros casos como, por ejemplo, el VIH que tardó más de 10 años. Sin más un toque de atención de la gran necesidad de la ciencia en nuestra vida diaria.

Una vez realizado el paréntesis volvemos a nuestro tema en cuestión: proteína S.Podemos decir, de forma un poco cutre, que este gen posee dos partes: S1 Y S2. Y la parte S1 tiene otras dos divisiones (S1 NTD Y S1 CTD). Son el extremo amino y carboxilo terminal sin más misterio. Pero por estos nombres ni os preocupéis. Sólo saber que es en S1NTC donde se expresa la info genética para elaborar RBD, la puta proteína que nos perjudica. La parte que está coloreada de verde.
Fijaros en la flecha que señala S1/S2 y S2`. Para que se de lugar a la síntesis de la proteína es necesario que primero ocurra una maduración de la secuencia y trasladado al lenguaje científico un corte en la secuencia. Este corte puede ser a la altura de la primera flecha o de la segunda. Se ha estudiado que si la secuencia del virus presenta muchas bases básicas como argininas (R) el corte es más versátil y puede tener un amplio aspectro, es decir, abarcar muchas bases, esto es cortar en S2`.Todo ello sin perder, la síntesis eficaz de la glicoproteína que necesita para unirse a la célula.
A continuación, se muestran varias secuencias de virus SARS donde la primera es nuestro virus en estudio.
***Hago otro paréntesis. No sé si os habréis fijado que siempre que se muestran secuencias aparecen más. Lo que ocurre es que realizan blast, lo que se conoce como una comparación o alineamiento entre secuencias homólogas. Seleccionas varias secuencias relacionadas y las comparas para ver las coincidencias y las diferencias. Esto siempre se realiza cuando no se tiene ni idea de qué se está estudiando y poder saber posibles funciones ya que normalmente mismas secuencias indican funciones parecidas. Es una forma de investigar en ciencias😎

Ahora bien, en nuestras células el receptor necesario se llama ACE2. Se ha estudiado que la eficacia de unión radica en la forma que tiene lugar la unión. Estas uniones se producen entre las proteínas y , como sabemos, las preoteínas son secuencias de aminoácidos. Pues bien, para que la unión sea 100% efectiva los aa de ACE2 deben ser Lys31 y Lys 353. Para aclarar la letra es el aminoácido ( en este caso lisina, y el número es la posición en la que se encuentra)

¡¡¡Pero no todos tenemos las mismas secuencias!!!

Según he podido documentarme hay aminoácidos que son requeridos para que se lleva a cabo una correcta unión del virus. Y, además, hay diferencias entre humanos y animales😱😱😱

Aprovecho, para felicitar a los científicos que han estudiado todo esto porque menudas máquinas.

A continuación, os resumo en modo tabla los aminoácidos necesarios para la correcta unión.

HUMANOS	ANIMALES
Phe 442	Tyr42
Phe 472	Leu472
Asp480	Pro472
Asn 479	Gly480
Thr 487	Arg479
	Thr487

Como dato curioso, aunque no está comprobado, el aminoácido 487 estará relacionado con la transmisión a humanos. Ya que en varios estudios siempre que existía transferencia a humanos había o treonina o serina en esta posición:

 PERO SON ESPECULACIONES MÍAS

Aunque el nuevo virus es SARS, creo conveniente hablar un poco sobre MERS

Su origen principal son los camellos jajaj y podemos disitnguir dos líneas: L1 y L2.

El linaje L1 aparece en Arabia y Jordania. Se da en humanos y camellos. El linaje L2 aparece en Asia,Marruecos y África y su transmisión se relaciona con camellos.

A diferencia de SARS,el receptor que usa para unirse es DPP4.

Resaltar que en 2016 y 2017 surgió un virus conocido como SADS-COV que afecta a cerdos. Ahora bien, el receptor no se tiene ni idea de cuál es... sí se sabe que es de este tipo debido a la homología con otros virus de esta clase.

Conclusión, se necesitan más estudios al respecto.

Fuentes:

 Wrapp, D., Wang, N., Corbett, K. S., Goldsmith, J. A., Hsieh, C. L., Abiona, O., ... & McLellan, J. S. (2020). Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science, 367(6483), 1260-1263.